2011年12月31日至2012年1月2日，南都基金会第二届理事会第二次会议在海南三亚举行。会议审议通过程玉辞去秘书长，并选举程玉为副理事长（执行）。会议增补刘洲鸿为理事，并选举刘洲鸿为新一任秘书长。会议审议通过了《关于2011年工作与2012年计划的报告》、《机构文化和制度建设构想报告》，以及理事会投资管理委员会《关于2011年投资管理情况及2012年重大投资活动计划报告》。会议听取了《新公民计划工作报告》、《基金会中心工作报告》。

2012年

1月6日至8日，传播官员李玉生应邀参加了在香港葵青剧院举行的MaD创不同2012全会。

1月7日晚，徐永光理事长与新公民学校儿童特色艺术团的孩子们共同出席由《南都娱乐周刊》、《南都周刊》举办的2011年度明星公民评选暨金牌推手颁奖盛典。徐永光表示农民工子女教育刻不容缓。

1月8日上午，徐永光理事长应邀参加“2011中国企业十大典范公益项目”发布会并为获奖者颁奖。十个公益项目凭借创新的理念、脚踏实地的实践及企业自身资源的整合，展示了社会各领域协作的力量。

1月8日，刘洲鸿秘书长参加了由民政部指导、中民慈善捐助信息中心发起、全国二十二家知名公益慈善组织联合主办的“慈善的力量”——2011年中国慈善年会。

1月9日上午，深圳民政局局长杜鹏来访南都基金会，徐永光理事长向其介绍了南都基金会的基本情况及中国公益慈善的现状。

1月9日，刘洲鸿秘书长组织秘书处举行内部会议，传达二届二次理事会精神并安排下一步工作。

1月10日至11日，项目官员林红作为评委参加2011壹基金“民间救灾奖”评选活动。

1月12日，徐永光理事长、程玉副理事长与秘书处一起，围绕“突破草根资源困境，构建生态产业链”举行工作会议。

1月13日，刘洲鸿秘书长参加于北京远望楼举行的“民政部主管非公募基金会工作交流会”，报告南都公益基金会工作情况。

1月17日下午，徐永光理事长参加基金会中心网一届七次理事会。

1月31日，程玉副理事长与秘书处分享NPO如何建立公信力等内容。

2月3日下午，南都基金会邀请十几位专家学者举行座谈。徐永光理事长、康晓光理事、程玉副理事长、刘洲鸿秘书长与大家共同围绕“如何帮助草根组织突破资源困境，构建健康的公益生态链”展开深入的讨论。

2月4日至6日，徐永光理事长应邀参加2012亚布力中国企业家论坛第十二届年会，徐永光再次强调“慈善一定要回归民间”，并提出了“政府部门利益阻碍慈善资源流向民间和拖慈善体制改革后腿”的观点。

2月9日，刘洲鸿秘书长出席中国社工协会社工专家年会。

2月10日下午，徐永光理事长参加燕山大讲堂之“最公益——信息化时代基金会如何透明” ，与儿童希望救助会理事长张雯、知名媒体人郭宇宽对话。徐永光在对话中重申：公众质疑是为了慈善事业更加健康，公益组织要守住道德底线；公开透明在中国面临很大的困境，其中有体制问题。

2月10日，刘洲鸿秘书长参加于赠与亚洲基金会举行的“资助方圆桌会议”。

2月14日，刘洲鸿秘书长向国家民间组织管理局副局长、南都基金会理事刘忠祥报告南都基金会工作情况并听取意见。

2月15日，徐永光理事长赴上海参加新湖社会企业创新奖第三轮评选和颁奖仪式。

2月17日下午，秘书处举行了2012年的第一期团圆会。大家重点报告了各部门工作计划完成情况，讨论了南都基金会《团圆会制度》和《员工成长基金制度》。

2月22日下午，徐永光理事长参加美新路公益基金理事会筹备会议。

2月23日下午，徐永光理事长参加中华儿慈会童缘公益慈善论坛，参与“民间公益组织如何发挥更大作用”讨论环节，并做《中国民间公益生态和基金会创新》主题发言。

2月23日，刘洲鸿秘书长参加民政部召开的“全国性社会组织在创先争优活动中开展基层组织建设年视频会”。

2月24日下午，徐永光理事长参加中英社会企业发展研讨会并做主题发言。徐永光从社会投资的角度与来宾分享他对于促进社会企业发展的观点。晚上，徐永光理事长与刘洲鸿秘书长等共同参与了社会企业家技能项目颁奖典礼。共有5家机构获得2011-2012年度社会企业家技能项目南都社会企业自我突破奖，每家机构获得20万元的资金支持。

2月28日，招商局慈善基金会徐保民主任、张晓梅副主任来访南都基金会，刘洲鸿秘书长、项目官员林红参加交流会。双方就如何更好地开展公益项目、资助草根组织做了深入交流。

2月29日，刘洲鸿秘书长参加国家民间组织管理局于北京新世纪日航饭店举行的“社会组织法制论坛”。