1月5日，中民慈善捐助信息中心正式发布《2012年度中国慈善透明报告》。《报告》结果显示，南都公益基金会位居中国公益慈善组织透明度首位。此外，包括上海真爱梦想公益基金会、中国残疾人福利基金会、安利公益基金会以及中华思源工程扶贫基金会在内的4家机构也同时荣踞《2012年度中国慈善透明报告》排名的前五位。
  这是该中心连续第四年发布年度中国慈善透明报告。《报告》选取全国500家公益慈善组织进行第三方的网络监测，并结合深度访谈和在线问卷调查等方式，从完整性、及时性、易得性和规范性等四个维度，对2012年我国慈善信息公开状况进行了全面深入的分析研究。

  1月10日，南都公益基金会第二届理事会第五次会议在北京召开。本次理事会上，理事们听取了秘书处《关于2012年工作与2013年计划的报告》，报告总结了2012年的工作、财务收支状况，汇报了2013年工作计划及预算，得到理事会的充分肯定。会议还听取了《景行计划项目方案》、《新公民计划总结》、《新公民计划工作报告》等工作汇报。 理事会对秘书处的工作给予了充分的肯定，进一步明确了基金会当前工作的重点，并且对于基金会中长期的财力、人力资源发展有了规划。

  1月13日至17日，南都公益基金会银杏伙伴成长计划（简称“银杏计划”）2013年首次见面会在昆明成功结束。为期5天的见面会由“银杏计划”的项目官员与 “伴委会”共同组织完成，包括2012届银杏伙伴欢迎会与证书颁发、银杏伙伴贡献表彰、公益学习论坛、伙伴讨论沙龙、伙伴团队建设、昆明伙伴机构参访等环节。见面会上还确定了2013年银杏伙伴手册的内容、选定台湾与印度为2013年海外学习的目的地，公开民主评选2013年新一届“伴委会”。

  1月19日，刘洲鸿秘书长参与北大非营利组织法研究中心举办的“非营利组织法专家建议稿发布及官办非营利组织改革研讨会”。
 
  1月22日，南都基金会1月份团圆会举行，刘洲鸿秘书长主持会议。

  1月25日上午，刘洲鸿秘书长受民政部邀请参加评估中华健康快车基金会；1月28日，受邀参加评估中国红十字基金会。

  1月25日下午，刘洲鸿秘书长受邀参加北大2012十大社会事件发布会。

  1月24日至28日，项目官员黄庆委赴广州走访景行计划合作伙伴中国慧灵及广州市恭明社会组织发展中心，参加中国慧灵师训团培训会议并列席慧灵决策会议。期间拜访了创绿中心了解机构发展及项目运作情况。

  1月27日，南都基金会徐永光理事长参加中国灵山公益慈善促进会2013年工作研讨会。

  1月28日，南都基金会徐永光理事长作为评委，参加社会企业家技能项目新湖社会企业创新奖学员面试评审。