9月7日，云南省昭通市彝良县连续发生5.7级和5.6级地震，地震已造成81人遇难，74.4万人受灾。9月10日晚20时至11日7时，云南彝良地震灾区普降暴雨、局部大暴雨，灾区遭遇叠加灾害。灾害发生后，南都基金会迅速做出反应，一边从新闻处了解灾区动态，一边积极关注民间组织救灾信息，并做好应急准备。9月12日，南都基金会审批通过了资助云南青基会益行工作组和NGO备灾中心联合搭建的"彝良抗震救灾民间联合工作站"， 希望通过工作站在紧急救助期间充分发挥信息平台以及民间救灾后勤人员支持的作用，工作站具体工作具体内容包括整理、发布灾区动态、需求的信息；对接外部资源参与救灾；推动在地志愿者团队的建立和成长；为在灾区参与救援的民间组织提供后勤服务。

为应对频发的自然灾害，2010年4月南都基金会设立了常数为1000万元的"灾害救援和灾后重建基金"，支持民间组织开展救灾及灾后重建工作。目前，南都基金会确立了以"化害为利"为目标弥补灾害社会损失的救灾策略，重点关注非物资、硬件类的软性服务支持，包括过渡安置期的软性服务，催生民间组织；在灾后重建期NGO以社区为基础开展的弥补社会损失提升社区能力的示范项目；鼓励NGO的合作、经验总结、社区防灾减灾备灾以及技术传播等项目。