南都基金会理事会是基金会的决策机构，由来自上海南都集团以及社会各界人士组成。监事由社会知名人士担任，监督理事会及秘书处工作情况。南都基金会秘书处是基金会的执行机构，认真执行理事会通过的有关决议与工作计划。 

理事会在与秘书处充分对话的基础上决定大政方针，秘书处在得到理事会信任的情况下将这些大政方针付诸实施。理事会与秘书处之间的良好沟通为保持和更新这一信任关系所必须。